Eucariotas (células con núcleo, como las que se encuentran en las plantas, hongos y animales) poseen múltiples cromosomas grandes lineal contenida en el núcleo de la célula. Cada cromosoma tiene un centrómero, con uno o dos brazos que se proyectan desde el centrómero, aunque, en la mayoría de los casos, estas armas no son visibles como tales. Además, la mayoría de los eucariotas tienen un pequeño genoma mitocondrial circular, y algunos eucariotas puede tener otros cromosomas pequeños citoplasmáticos circular o lineal.